学院科研力量雄厚，实验条件完善。近年来先后主持国家重大新药创制计划项目、国家“973”项目、“863项目”、国家“十一五”支撑计划、国家合作重点项目、国家自然科学基金重点项目、国家自然科学基金面上项目和青年项目等各级科研课题数十项。拥有教学科研的现金仪器设备配备充足。       学院与美国哈佛医学院、密西西比大学、韦恩州立大学、韩国岭南大学等建立了科研合作与师生交流关系；学院与日本大学、东京大学、京都大学和大阪大学等四所大学建立了联合实验室。另外，有数位国际知名的科学家受聘为苏州大学药学院讲座教授、客座教授和兼职教授。